Projekty w trakcie realizacji



NCN, NCBiR oraz europejskie   BK   BKM



Tytuł projektu: Algorytmy przetwarzania i analiza metod statystycznych umożliwiających wykrywanie różnic molekularnych pomiędzy tkanką zdrową a nowotworową w obrazowaniu MALDI-MSI (t.7)

Numer: 02/010/BKM18/0136

Czas trwania: 2018/01/01-2019/12/19

Kierownik: Joanna Polanska,


Opis projektu: Algorytmy przetwarzania i analiza metod statystycznych umożliwiających wykrywanie różnic molekularnych pomiędzy tkanką zdrową a nowotworową w obrazowaniu MALDI-MSI

Afiliowane publikacje:

Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Stworzenie i implementacja algorytmu deizotopingu w spektrometrii mas do badań nad nowotworami (temat 8)

Numer: 02/010/BKM18/0136

Czas trwania: 2018/01/01-2019/12/31

Kierownik: Polanska Joanna,


Opis projektu: Stworzenie i implementacja algorytmu deizotopingu w spektrometrii mas do badań nad nowotworami

Afiliowane publikacje:
1. Anna Glodek, Joanna Polanska: Metody identyfikacji obwiedni izotopowych w danych z obrazowania molekularnego MALDI-ToF, Śląskie Spotkania Naukowe 2019, 10-11.05.2019, Kroczyce

2. Anna Glodek, Marta Gawin, Mykola Chekan, Monika Pietrowska, Jacek Łęski, Joanna Polanska, Can the spatial distribution in MSI support the identification of the isotopic envelope?, CEEPC 2019, 23 - 26.09.2019, Ustroń, Poland


Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Analiza profili CNV linii komórkowych o różnej radiowrażliwości (temat 10)

Numer: 02/010/BKM18/0136

Czas trwania: 2018/01/01-2019/12/31

Kierownik: Polanska Joanna,


Opis projektu: Analiza profili CNV linii komórkowych o różnej radiowrażliwości

Afiliowane publikacje:
1. Tobiasz J., Al-Harbi N., Bin Judia S., Majid S., Alsbeih G., Polanska J., Copy Number State differences between extremely radiosensitive and extremely radioresistant patients. XII Symposium of Polish Bioinformatics Society. Book of abstracts, p. 76. 19-21.09.2019, Cracow, Poland

2. Tobiasz J., Al-Harbi N., Bin Judia S., Majid S., Alsbeih G., Polanska J., How accurately can we predict Surviving Fraction after Irradiation based on the Copy Number State? 4th European Radiation Protection Week ERPW 2019. Book of abstracts, p. 135. 14-18.10.2019, Stockholm, Sweden


Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Nowe algorytmy przetwarzania obrazów astronomicznych-przetwarzanie obrazów w szybkiej fotometrii astronomicznej

Numer: 02/010/BKM18/0136

Czas trwania: 2018/01/01-2019/12/31

Kierownik: Popowicz Adam,


Opis projektu: Nowe algorytmy przetwarzania obrazów astronomicznych-przetwarzanie obrazów w szybkiej fotometrii astronomicznej

Afiliowane publikacje:

Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Zastosowanie algorytmów wizji komputerowej do rozpoznawania autentyczności ekspresji mimicznych

Numer: 02/010/BKM18/0136

Czas trwania: 2018/01/01-2019/12/31

Kierownik: Radlak Krystian,


Opis projektu: Zastosowanie algorytmów wizji komputerowej do rozpoznawania autentyczności ekspresji mimicznych

Afiliowane publikacje:

Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Algorytmy statystyczne do analizy wzorców zmian strukturalnych genomu związanych z odpowiedzią na promieniowanie jonizujące oraz stopniem wrażliwości na promieniowanie

Numer: BKM/508/RAU1/2017/23 ; 02/010/BKM17/0083/23

Czas trwania: 2017-01-01-2017-12-31

Kierownik: Joanna Polanska, Bożena Rolnik


Opis projektu: Algorytmy statystyczne do analizy wzorców zmian strukturalnych genomu związanych z odpowiedzią na promieniowanie jonizujące oraz stopniem wrażliwości na promieniowanie

Afiliowane publikacje:
1. Bożena Rolnik, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, Joanna Polanska: Analiza trendów zmian strukturalnych w genomie w odpowiedzi na wybrane dawki promieniowania jonizującego. Śląskie Spotkania Naukowe IV SSN, 24-25.03.2017, Ustroń, Polska, p.41

2. Bożena Rolnik, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, Joanna Polanska: Characteristics of Copy Number Variation in radiosensitive cell line. Computational Approached in Precision Medicine, 2017, 27-28 July, Vienna, Austria


Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Identyfikacja i korekcja efektu paczki jako elementy wspomagające wnioskowanie w wysokoprzepustowych eksperymentach biologii molekularnej

Numer: BKM/508/RAU1/2017/24 ; 02/010/BKM17/0083/24

Czas trwania: 2017-01-01-2017-12-31

Kierownik: Joanna Polanska, Anna Papiez


Opis projektu: Identyfikacja i korekcja efektu paczki jako elementy wspomagające wnioskowanie w wysokoprzepustowych eksperymentach biologii molekularnej

Afiliowane publikacje:
1. Papiez A, Zyla J, Binczyk F, Polanska J: Drosophila melanogaster RNA-Seq analysis by k-means clustering with adaptive initial conditions, XXI Gliwickie Spotkania Naukowe 2017, 17-18.11.2017, Gliwice, Polska, Book of Abstracts, p.135.


Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Narzędzia bioinformatyki integratywnej dedykowane poszukiwaniu genomicznych sygnatur radiowrażliwości w oparciu o populację o zróżnicowanym stopniu pokrewieństwa

Numer: BKM/508/RAU1/2017/25 ; 02/010/BKM17/0083/25

Czas trwania: 2017-01-01-2017-12-31

Kierownik: Joanna Polanska, Joanna Zyla


Opis projektu: Narzędzia bioinformatyki integratywnej dedykowane poszukiwaniu genomicznych sygnatur radiowrażliwości w oparciu o populację o zróżnicowanym stopniu pokrewieństwa

Afiliowane publikacje:
1. Joanna Tobiasz, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, and Joanna Polanska: Are Radiosensitive and Regular Response Cells Homogeneous in Their Correlations Between Copy Number State and Surviving Fraction After Irradiation? 6th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, IWBBIO 2018, April 25-27, 2018, Granada, Spain. Lecture Notes in Bioinformatics, 10813:197-208, doi: 10.1007/978-3-319-78723-7_17

2. Zyla J, Badie C, Albeih G, Polanska J: Heritability in radiation response investigation of H2AX and MDM2. In Proceedings of the XXIII National Conference on Applications of Mathematics in Biology and Medicine, 2017, p. 155-160. Eds. U. Forys, J. Smieja, ISBN: 978-83-932893-3-2

3. Zyla J., Kabacik S., Manning G., Finnon P., Wakil S., Alsbeih G., Badie C., Polanska J.: Genetic factors in radiation-induced gamma-H2AX phosphorylation and in silico based identification of SNPs influencing its response level. 4th International Symposium on the System of Radiological Protection of International Commission on Radiological Protection and 2nd European Radiation Protection Research Week, ICRP-ERPW 2017, p.83, 10-12.10.2017, Paryż, France


Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Lokalizacja przestrzenna źródeł aktywności mózgu w elektroencefalografii

Numer: BKM/508/RAU1/2017/26 ; 02/010/BKM17/0083/26

Czas trwania: 2017-01-01-2017-12-31

Kierownik: Henryk palus, Bartosz Binias


Opis projektu: Lokalizacja przestrzenna źródeł aktywności mózgu w elektroencefalografii

Afiliowane publikacje:

Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Narzędzia bioinformatyczne do poszukiwania biomarkerów odpowiedzi organizmu na promieniowanie jonizujące

Numer: BKM/508/RAU1/2017/27 ; 02/010/BKM17/0083/27

Czas trwania: 2017-01-01-2017-12-31

Kierownik: Joanna Polanska, Justyna Mika


Opis projektu: Narzędzia bioinformatyczne do poszukiwania biomarkerów odpowiedzi organizmu na promieniowanie jonizujące

Afiliowane publikacje:
1. Corina Cuceu, Bruno Colicchio, Eric Jeandidier, Steffen Junker, Grace Shim, François Plassa, Justyna Mika, Monika Frenzel, Mustafa Al Jawhari, William M. Hempel, Grainne O'brien, Aude Lenain, Luc Morat, Théodore Girinsky, Alain Dieterlen, Joanna Polanska, Christophe Badie, Patrice Carde, Radhia M'kacher: Independent mechanisms lead to genomic instability in Hodgkin lymphoma: Microsatellite or chromosomal instability. Cancers (Basel), 2018, 10(7): E233. doi:10.3390/cancers10070233.

2. Mika J, Yoshida K, Kusunoki Y, Candeias S, Polanska J: Does diversity of T cell receptors functionality depend on age and sex? Book of Abstracts, p.117, XII Annual q-bio Conference, Houston, TX, June 26-29, 2018

3. Mika J, Candéias S., Badie C., Polanska J. Reannotation of VDJ segments in complementarity determining region 3 (CDR3) in data from TCR sequencing, Book of abstract p.71, PTBI 2017, September 27-29, 2017, Uniejow

4. Kotas Justyna, Gaipl Udo and Polanska Joanna. Analysis of data from immunophenotyping of patients undergoing low dose radiation therapy, 2017. XXI Gliwice Scientific Meetings (XXI GSN), 17/11/2017-18/11/2017, Gliwice, Poland, pp. 121


Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Analiza algorytmów stosowanych do deizotopingu w spektrometrii mas

Numer: BKM/508/RAU1/2017/28 ; 02/010/BKM17/0083/28

Czas trwania: 2017-01-01-2017-12-31

Kierownik: Joanna Polanska, Katarzyna Bednarczyk


Opis projektu: Analiza algorytmów stosowanych do deizotopingu w spektrometrii mas

Afiliowane publikacje:
1. Bednarczyk K, Sammour D A , Hopf C, Polanska J: How does sample preparation in MALDI-MSI imaging influence the molecular signature, Gliwickie Spotkania Naukowe 2017, 17-18.11.2017, Gliwice, Polska, p.63


Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Algorytmy statystyczne do analizy danych pochodzących z różnych platform eksperymentalnych, dotyczących wpływu promieniowania jonizującego na mechanizmy ekspresji genów u ludzi oraz u myszy

Numer: BKM/508/RAU1/2017/29 ; 02/010/BKM17/0083/29

Czas trwania: 2017-01-01-2017-12-31

Kierownik: Joanna Polanska, Agnieszka Cecotka


Opis projektu: Algorytmy statystyczne do analizy danych pochodzących z różnych platform eksperymentalnych, dotyczących wpływu promieniowania jonizującego na mechanizmy ekspresji genów u ludzi oraz u myszy

Afiliowane publikacje:
1. Agnieszka Cecotka, Joanna Polanska: Region-specific methylation profiling in acute myeloid leukemia. Interdisciplinary Sciences - Computational Life Sciences, 2018, 10(1):33-42, doi: 10.1007/s12539-018-0285-4

2. Cecotka A., Polanska J.: Different methylation profiles and their alterations among gene associated and intergenic genome regions in AML. XXI Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 71. 17-18.11.2017, Gliwice, Poland.


Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Nowe algorytmy przetwarzania obrazów astronomicznych

Numer: BKM/508/RAU1/2017/41 ; 02/010/BKM17/0083/41

Czas trwania: 2017-01-01-2017-12-31

Kierownik: Adam Popowicz,


Opis projektu: Nowe algorytmy przetwarzania obrazów astronomicznych

Afiliowane publikacje:

Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Poszukiwanie markerów chorób zwyrodnieniowych mózgu dla celów poprawy diagnostyki w oparciu o analizę wyników neuroobrazowania

Numer: BKM/508/RAU1/2017/42 ; 02/010/BKM17/0083/42

Czas trwania: 2017-01-01-2017-12-31

Kierownik: Franciszek Binczyk,


Opis projektu: Poszukiwanie markerów chorób zwyrodnieniowych mózgu dla celów poprawy diagnostyki w oparciu o analizę wyników neuroobrazowania

Afiliowane publikacje:
1. Binczyk F, Marczyk M, Polanska J: LISI - system for automated Lymphocyte Identification in H-E Stained tissue Images. 2nd Annual Meeting of MAQC Society, Precision Medicine and Clinical Omics, February 24-27, 2018, Shanghai, China

2. Suwalska A, Binczyk F: THE APPLICATION OF DEEP CONVOLUTIONAL NEURAL NETWORKSIN THE AUTOMATED DIAGNOSIS OF EARLY ALZHEIMER’S DISEASEON MAGNETIC RESONANCE IMAGES , XXI Gliwickie Spotkania Naukowe 2017, 17-18.11.2017, Gliwice, Polska, Book of Abstracts, p.159.


Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Nowoczesne metody segmentacji w obrazowaniu biomedycznym

Numer: BKM/508/RAU1/2017/43 ; 02/010/BKM17/0083/43

Czas trwania: 2017-01-01-2017-12-31

Kierownik: Mariusz Frackiewicz,


Opis projektu: Nowoczesne metody segmentacji w obrazowaniu biomedycznym

Afiliowane publikacje:

Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Metody łączenia danych jako techniki wspomagające analizy wyników wysokoprzepustowych technik biologii molekularnej

Numer: BKM/506/RAU1/2016

Czas trwania: 2016/01/01-2017/12/31

Kierownik: Anna Papiez,


Opis projektu: Celem naukowym projektu jest opracowanie metod umożliwiających łączenie danych z różnych eksperymentów pozyskanych w toku wysokoprzepustowych technik biologii molekularnej, a także łączonej analizy dużych zbiorów danych. Stworzone procedury mają posłużyć do polepszenia jakości informacji biologicznej wynikającej z tego typu eksperymentów. Dane, na których testowane będą procedury pochodzą z dużego studium badawczego pomiarów poziomów ekspresji Microarray Innovations in LEukemia (MILE), a także z publicznych repozytoriów bioinformatycznych.

Afiliowane publikacje:
1. Sieradzka Katarzyna, Leszczorz Kinga, Garbulowski Mateusz and Polański Andrzej. Consensus approach for detection of somatic mutations, 2017. ICMMI 2017 International Conference on Man-Machine Interactions (ICMMI 2017), 03/10/2017-06/10/2017, Kraków, Polska. Man-Machine Interactions 5.

2. Papiez Anna, Badie Christophe and Polanska Joanna. Response profiles for high and therapeutic radiation doses in breast cancer patients, 2017. XXIII National Conference on Applications of Mathematics in Biology and Medicine (XXIII KKZMBM), 11/09/2017-15/09/2017, Jugowice, Polska, pp. 137-142 Response profiles for high and therapeutic radiation doses in breast cancer patients, ISBN: 978-8-3932-8933-2, pp. 137-142.

3. Papiez Anna, Azimzadeh Omid, Tapio Soile and Polanska Joanna. Regression analysis for dose and age related deregulated proteins, 2017. 4th ICRP Symposium on the system of radiological protection and 2nd European Radiological Protection Research Week (ICRP-ERPW 2017), 10/10/2017-12/10/2017, Paris, France, pp. 83


Rozwiń/Zwiń



Tytuł projektu: Algorytmy statystyczne do analizy danych pochodzących z różnych platform eksperymentalnych, dotyczących skutków promieniowania jonizującego u osób o zróżnicowanych uwarunkowaniach genetycznych

Numer: BKM/506/RAU1/2016/t.29

Czas trwania: -

Kierownik: Joanna Polanska, Agnieszka Cecotka


Opis projektu: BKM 2016 A. Cecotka

Afiliowane publikacje:
1. Cecotka A., Polanska J.: Zmiany poziomu metylacji DNA w różnych regionach genomu w ostrej białaczce szpikowej. Śląskie Spotkania Naukowe IV SSN, 24-25.03.2017, Ustroń, Polska, p.12

2. Cecotka A., Polanska J.: Novel Method of Identifying DNA Methylation Fingerprint of Acute Myeloid Leukaemia. In: Fdez-Riverola F., Mohamad M., Rocha M., De Paz J., Pinto T. (eds) 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics. PACBB 2017. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol 616. pp 189-196, (2017) Springer, Cham ISBN:978-3-319-60815-0

3. Cecotka A, Manning G, Badie C, Bouffler S, Polanska J: Demethylation level diversification among different genome regions in human AML, Book of Abstracts, p.104, XX Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 18-19, 2016


Rozwiń/Zwiń



Zakończone projekty