Mgr inż. Justyna Mika, Doktorant
pokój: 749
telefon: -
Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
Plan zajęć

         

Computer Hope




Nota biograficzna:

marzec 2016 - obecnie: zatrudnienie w projekcie VIBRATO dotyczącego poszukiwania biomarkerów ekspozycji na promieniowanie.

listopad 2014 - grudzień 2015: zatrudnienie na stanowisku asystenta naukowego w projekcie GeCoNiI.

październik 2014: uzyskanie tytułu magistra z pracy dotyczącej badań wpływu niskich dawek promieniowania na rekombinację VDJ u myszy.

luty 2013 - wrzesień 2014: studia magisterskie na Politechnice Śląskiej, kierunek Biotechnologia, specjalność Bioinformatyka

styczeń 2013: uzyskanie tytuły inżyniera z pracy poświęconej wykorzystaniu metod bioinformatycznych w poszukiwaniu tła genetycznego raka tarczycy

październik 2009 - styczeń 2013: studia inżynierskie na Politechnice Śląskiej, kierunek Biotechnologia



Staże naukowe:

lipiec - sierpień 2014: staż naukowy w Center for Radiation, Chemicals and Environmental Hazards Public Health England, UK

wrzesień 2014: staż naukowy w Institute of Life Sciences Research and Technologies (iRTSV), Atomic Energy Commission (CEA), Grenoble, France

Rozwiń/Zwiń



Zainteresowania naukowe:

eksploracja i analiza danych medycznych, głównie pochodzących z badań radiologicznych,

rekombinacja VDJ,

środowisko R.

Lista publikacji:

1. Justyna Mika, Sylwia Kabacik, Christophe Badie, Joanna Polanska and Serge M. Candéias: Germline DNA retention in murine and human rearranged T cell receptor gene coding joints: alternative recombination signal sequences and V(D)J recombinase errors. Frontiers in Immunology, 2019, 10:2637, doi: 10.3389/fimmu.2019.02637

2. Corina Cuceu, Bruno Colicchio, Eric Jeandidier, Steffen Junker, Grace Shim, François Plassa, Justyna Mika, Monika Frenzel, Mustafa Al Jawhari, William M. Hempel, Grainne O'brien, Aude Lenain, Luc Morat, Théodore Girinsky, Alain Dieterlen, Joanna Polanska, Christophe Badie, Patrice Carde, Radhia M'kacher: Independent mechanisms lead to genomic instability in Hodgkin lymphoma: Microsatellite or chromosomal instability. Cancers (Basel), 2018, 10(7): E233. doi:10.3390/cancers10070233.

3. Serge M. Candeias, Justyna Mika, Paul Finnon, Tom Verbiest, Rosemary Finnon, Natalie Brown, Simon Bouffler, Joanna Polanska, Christophe Badie. Low-dose radiation accelerates aging of the T-cell receptor repertoire in CBA/Ca mice. Cellular and Molecular Life Sciences 74, 4339–4351 (2017) doi:10.1007/s00018-017-2581-2

4. Mika Justyna, Candeias Serge and Polańska Joanna. Modelling of T cell receptor repertoire diversity in age, sex and functionality status of its sequences, 2019. XII Symposium of Polish Bioinformatics Society (PTBI), 19/09/2019-21/09/2019, Kraków, Poland, pp. 78

5. Łabaj Wojciech, Mika Justyna, Chekan Mykola, Pietrowska Monika, Widłak Piotr and Polański Andrzej. BIOLOGICAL PROCESSES ASSOCIATED WITH MUTATIONS PRESENT IN ANAPLASTIC AND PAPILLARY THYROID CANCERS CO-EXISTING IN THE SAME THYROID, 2019. 13th Central and Eastern European Proteomic Conference (CEEPC), 23/09/2019-25/09/2019, Ustron, Polska, pp. P-14

6. Mika J, Yoshida K, Kusunoki Y, Candeias S, Polanska J: Does diversity of T cell receptors functionality depend on age and sex? Book of Abstracts, p.117, XII Annual q-bio Conference, Houston, TX, June 26-29, 2018

7. Justyna Mika, Wojciech Łabaj, Kinga Leszczorz, Katarzyna Sieradzka, Andrzej Polański, Comparison of tools for genetic variant detection from exome sequencing data, qbSS18, 11-25.06.2018, Houston, USA

8. Mika Justyna, Łabaj Wojciech, Abramowicz Agata, Pietrowska Monika, Widłak Piotr, Polański Andrzej. Adaptive preprocessing of microRNA sequencing data with automated identification of adapter sequence, 2018. XXII Gliwice Scientific Meetings (GSN), 16/11/2017-17/11/2017, Gliwice, Poland, pp. 111

9. Mika J, Badie C., Candéias S., Cherradi N., Polanska J. Text-mining methods in support for comprehensive literature search – Tis11/Tristetraprolin targets study., Book of abstract p.58, REIS 2017, March 7-9, 2017, Budapest

10. Serge M. Candéias Justyna Mika, Paul Finnon, Tom Verbiest, Rosemary Finnon, Natalie Brown, Simon Bouffler, Joanna Polanska, Christophe Badie: Low dose radiation accelerates ageing of the T cell receptor repertoire in mice, Book of Abstracts p.224, ERRS and GBS 2017, 17-21.08.2017, Essen, Germany

11. Mika J, Candéias S., Badie C., Polanska J. Reannotation of VDJ segments in complementarity determining region 3 (CDR3) in data from TCR sequencing, Book of abstract p.71, PTBI 2017, September 27-29, 2017, Uniejow

12. Kotas Justyna, Gaipl Udo and Polańska Joanna. Analysis of data from immunophenotyping of patients undergoing low dose radiation therapy, 2017. XXI Gliwice Scientific Meetings (XXI GSN), 17/11/2017-18/11/2017, Gliwice, Poland, pp. 121

13. Mika J, Badie C, Candeias S, Polanska J: Calculation of nucleotide sequence occurrence probability in high-throuput TCR sequencing data to examine effect of irradiation. Book of Abstracts, p.108, XX Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 18-19, 2016

14. Candéias Serge M., Justyna Mika, Sylwia Kabacik, Ann-Karin Olsen, Joanna Polanska, Simon Bouffler, Christophe M Badie: Long term alteration of mouse TCR repertoire following radiation exposure, Radiation Protection Week, Book of abstracts, p.84, 19-23.09.2016, Oxford, UK

15. Mika Justyna, Candeias Serge, Badie Christophe and Polańska Joanna. Functionality status of murice TCR sequences – comparative analysis of diversity indices and effect size statistics, 2016. 2nd Congress of Polish Biochemistry, Cell biology, Biotechnology and Bioinformatics (BIO2016), 13/09/2016-16/09/2016, Wrocław, pp. 169

16. Badie C, Tapio S, Barjaktarovic Z, Finnon R, Brown N, Blachowicz A, Kotas J, Polanska J, Benotmane R, Candeias S, Bouffler S: Integrated systems level analysis of myeloid leukaemogenesis and evaluation of the molecular alterations of antigenic T-cell receptor repertoire following X-irradiation. 15th International Congress of Radiation Research ICRR 2015, 25-29.05.2015, Kyoto, Japan

17. Kotas J., Badie C., Candéias S., Polanska J.: Usage of bootstrap sampling in comparing biological diversity of differently sized data samples. 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology RECOMB 2015, Book of abstracts, p. 85, 11.04-15.04.2015 Warsaw, POLAND

18. B. Mika, K. Bednarczyk, Mariusz Frąckiewicz, T. Ischebeck, Automatic measurement of pollen tube length, International Student Conference of Cell Biology, 22-23 May, Kraków 2015. Book of abstracts. [B.m.] : [b.w.], 2015, s. 28-29, bibliogr. 1 poz

19. Serge M. Candéias, Justyna Kotas, Sylwia Kabacik, Ann-Karin Olsen, Joanna Polanska, Simon Bouffler, Christophe M Badie: Effects of low dose radiation on the T lymphocyte repertoire in the mouse: analysis from a TCR point of view. XIXth Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 35. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland

20. Justyna Kotas, Christophe Badie, Serge Candéias, Joanna Polanska: Do the dose and the time post irradiation affect functional V genes frequencies in murine TCR? XIXth Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 97. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland

21. Mika J., Polanska J.: Poszukiwanie biomarkerów ekspozycji na promieniowanie powiązanych z białkiem Tis11/TTP. Śląskie Spotkania Naukowe IV SSN, 24-25.03.2017, Ustroń, Polska, p.34