Kierownik Zakładu

Prof. dr hab. inż. Joanna Polańska, 
pokój: 536 AEI
telefon: +48 32 2372144
Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
Plan zajęć

Computer Hope         Computer Hope

Computer Hope




Nota biograficzna:

02.12.2017 laureatka Śląskiej Nagrody Naukowej 2017 w dziedzinie nauk o życiu

2017 - 2021 członek Rady Naukowej Instytutu Techniki i Aparatury Medycznej ITAM

Od 01.12.2016 profesor zwyczajny w Instytucie Automatyki Politechniki Śląskiej

2016 - 2020 członek Komitetu Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej Polskiej Akademii Nauk

30.12.2015 nominacja profesorska w dziedzinie nauk technicznych

Od 01.10.2013 kierownik Zakładu Analizy Eksploracyjnej Danych

2009 - 2016 profesor nadzwyczajny w Instytucie Automatyki Politechniki Śląskiej.

15.01.2013 - 31.12.2013 pracownik naukowy w Katedrze i Klinice Chirurgii Klatki Piersiowej Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego (projekt MOLTEST).

14.10.2008 uzyskanie stopnia naukowego doktora habilitowanego w dyscyplinie biocybernetyka i inżynieria biomedyczna, Instytut Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej PAN w Warszawie. Monografia habilitacyjna: Modele matematyczne zależności chorób o złożonym typie dziedziczenia od genetycznych i środowiskowych czynników ryzyka, ISSN 0239-7455, recenzenci: prof. Ryszard Tadeusiewicz, prof. Jacek Koronacki, prof. Jacek Waniewski i prof. Bogdan Lesyng.

01.02.2008 - 31.07.2008 pracownik naukowy w Centrum Onkologii - Instytut im. Marii Skłodowskiej-Curie Oddział w Gliwicach (projekt CARDIORISK).

2003 - 2009 adiunkt w Instytucie Automatyki, Politechniki Śląskiej.

2001 - 2003 pracownik naukowy w Baylor College of Medicine, Houston, oraz wizytujący naukowiec w Department of Statistics, Rice University, Houston, USA.

1997 - 2001 adiunkt w Instytucie Automatyki Politechniki Śląskiej.

1996 -1997 stypendystka W.M.Keck Center for Computational Biology, Houston, USA.

26.03.1996 uzyskanie stopnia naukowego doktora nauk technicznych w dyscyplinie automatyka i robotyka, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej. Rozprawa doktorska: Metoda projektowania układów sterowania o zadanych własnościach dynamicznych z wykorzystaniem przestrzeni H∞, promotor – prof. Andrzej Świerniak, recenzenci: prof. Wojciech Mitkowski, prof. Mieczysław Metzger.

1987-1996 asystent w Instytucie Automatyki Politechniki Śląskiej.

1982-1987 studia na Wydziale Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej na kierunku elektronika, ze specjalnością automatyka. Praca magisterska: Opracowanie programów komputerowego wspomagania projektowania wielowymiarowych układów regulacji metodami częstotliwościowymi na mikrokomputer IBM PC/XT, promotor – prof. Andrzej Świerniak, recenzent: prof. Ryszard Gessing, ocena końcowa: bardzo dobry z wyróżnieniem.



Doktoranci:

Zakończone przewody doktorskie:

1. Małgorzata Plechawska – otwarcie przewodu 27 stycznia 2009, obrona 24 października 2011 (z wyróżnieniem), temat rozprawy: Analiza widm proteomicznych Maldi-TOF z wykorzystaniem mieszanin rozkładów normalnych. Dyscyplina: Informatyka. Recenzenci: prof. Małgorzata Bogdan, prof. Konrad Wojciechowski.

2. Michał Marczyk – otwarcie przewodu 29 czerwca 2010, obrona 2 września 2013 (z wyróżnieniem), temat rozprawy: Przetwarzanie i klasyfikacja wielowymiarowych danych biologicznych uzyskiwanych przy pomocy wysokowydajnościowych metod pomiarowych. Dyscyplina: Biocyberbetyka i Inżynieria Biomedyczna. Recenzenci: prof. Rafał Dziadziuszko, prof. Andrzej Świerniak.

3. Franciszek Bińczyk – otwarcie przewodu maj 2012, powołanie drugiego promotora (prof. Hans-Peter Meinzer, Heidelberg University, Niemcy) w dniu 24.09.2013, obrona 12 września 2016 (z wyróżnieniem), temat rozprawy: Przetwarzanie i analiza danych uzyskiwanych z użyciem technologii magnetycznego rezonansu jądrowego w diagnostyce i leczeniu nowotworów mózgu, Processing and analysis of data obtained using Nuclear Magnetic Resonance technology in the diagnosis and treatment of brain tumors. Dyscyplina: Biocybernetyka i Inżynieria Biomedyczna. Recenzenci: prof. Małgorzata Kotulska, prof. Ewa Piętka.

4. Aleksandra Pfeifer – otwarcie przewodu 25 czerwca 2013, obrona 13.12.2016, temat rozprawy: Bioinformatyczne metody wykrywania transkryptów fuzyjnych z wykorzystaniem danych pochodzących z masywnie równoległego sekwencjonowania. Dyscyplina: Biocybernetyka i Inżynieria Biomedyczna. Recenzenci: prof. Krystian Jażdżewski, dr hab. inż. Jarosław Śmieja.

5. Joanna Żyła – otwarcie przewodu 24 czerwca 2014, obrona 02.04.2019, temat rozprawy: Zastosowanie modelowania matematycznego oddziaływań genetycznych oraz metod integratywnej analizy danych w badaniach typu GWAS o mało licznych próbach. Dyscyplina: Biocybernetyka i Inżynieria Biomedyczna. Recenzenci: prof. Małgorzata Kotulska, prof. Rafał Dziadziuszko



Przewody doktorskie w toku:

6. Anna Papież – otwarcie przewodu 29 września 2015, temat rozprawy: Metody integracji w analizie danych wielodziedzinowych badań biologii molekularnej dla poszukiwania markerów chorób cywilizacyjnych. Dyscyplina: Biocybernetyka i Inżynieria Biomedyczna.

7. Łukasz Król – otwarcie przewodu 29 listopada 2016; temat pracy doktorskiej: Generalized Distributed Monte Carlo Feature Selection for high dimensional problems. Dyscyplina Informatyka.

8. Agnieszka Cecotka (Błachowicz) - otwarcie przewodu 30 maja 2017; temat pracy doktorskiej: Metody modelowania matematycznego w analizie porównawczej profili metylacyjnych pacjentów z rozpoznaną pierwotną i wtórną białaczką. Dyscyplina Biocybernetyka i Inżyniera Biomedyczna

9. Justyna Mika (Kotas) – otwarcie przewodu 19 września 2017; drugi promotor dr Serge Candeias, Biosciences and Biotechnolgy Institute of Grenoble, CEA – Grenoble; temat pracy doktorskiej: Effects of low dose radiation exposure and ageing on T cell receptor beta chain (TCRβ) repertoire in human and mice. Dyscyplina Biocybernetyka i Inżynieria Biomedyczna.

10. Grzegorz Drążek – otwarcie przewodu 19 września 2017; temat pracy doktorskiej: Adaptacyjny algorytm Mean Shift dla celów segmentacji tkanek w obrazowaniu technikami spektrometrii mas (MALDI-MSI). Dyscyplina Informatyka.

11. Katarzyna Frątczak (Bednarczyk) – otwarcie przewodu 26 lutego 2019; temat pracy doktorskiej: Metody redukcji wymiarowości, ekstrakcji i selekcji cech w problemach grupowania i klasyfikacji danych obrazowania molekularnego. Dyscyplina podstawowa: Biocybernetyka i Inżynieria Biomedyczna, dyscyplina uzupełniająca: Informatyka

12. Anna Marcisz – otwarcie przewodu 26 marca 2019, temat pracy doktorskiej: Metody bioinformatyczne wspomagające diagnostykę choroby Alzheimera oraz łagodnych zaburzeń poznawczych z wykorzystaniem obrazowania metodą rezonansu magnetycznego. w badaniach MRI, promotor pomocniczy dr inż. Franciszek Binczyk. Dyscyplina podstawowa: Biocybernetyka i Inżynieria Biomedyczna, dyscyplina uzupełniająca: Informatyka.

13. Anna Glodek (Krawczyk) – otwarcie przewodu 26 marca 2019, temat rozprawy: Metody identyfikacji obwiedni izotopowych w danych z obrazowania molekularnego MALDI ToF. Promotor pomocniczy dr Marta Gawin, Dyscyplina podstawowa: Biocybernetyka i Inżynieria Biomedyczna, dyscyplina uzupełniająca: Automatyka i Robotyka



Opieka naukowa nad doktorantami:

14. Bożena Rolnik – studentka studiów stacjonarnych (2015) w dyscyplinie Biocybernetyka i Inżynieria Biomedyczna, obszar badań: Poszukiwanie markerów radiowrażliwości w obszarze CNV.

15. Joanna Tobiasz – studentka studiów stacjonarnych (program AIDA 2017) w dyscyplinie Biocybernetyka i Inżynieria Biomedyczna; obszar badań: Development of the predictors of response to therapy (binary phenotypes) from genomic data. Drugi opiekun: dr Christos Hatzis Director of Bioinformatics, Breast Medical Oncology, Yale School of Medicine, Yale Cancer Center, New Haven, USA.

16. Grzegorz Mrukwa – student studiów stacjonarnych (program AIDA 2018), w dyscyplinie informatyka; obszar badań: Techniki grupowania w przestrzeniach wysokiej wymiarowości dla danych z sekwencjonowania pojedynczych komórek w biologii molekularnej raka. Kopromotor dr Christos Hatzis Director of Bioinformatics, Breast Medical Oncology, Yale School of Medicine, Yale Cancer Center, Nev Haven, USA

17. Kinga Leszczorz – studentka studiów stacjonarnych (program AIDA 2018), w dyscyplinie informatyka.

18. Katarzyna Sieradzka – studentka studiów stacjonarnych (program AIDA 2018), w dyscyplinie informatyka; obszar badań: Genetic biomarkers of cancer patient survival. Konsultanci: prof. Christian Tomasetti, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore; prof. Marek Kimmel, Rice University, Houston; oraz prof. Andrzej Polański, Instytutu Informatyki Politechniki Śląskiej, Gliwice

19. Luca Miglietta – student studiów stacjonarnych (program AIDA 2018), w dyscyplinie informatyka; obszar badań: Development of a cellular “Exposome” reporter system. Kopromotor: dr Christophe Badie, Cancer Genetics and Cytogenetics Group, Public Health England, Didcot.

20. Wojciech Sikora - student studiów stacjonarnych (program AIDA 2018), w dyscyplinie informatyka; obszar badań: Techniki uczenia maszynowego wspierające diagnostykę chorób nowotworowych na bazie wyników obrazowania molekularnego.



Opieka naukowa na studentami studiującymi wg indywidualnego programu studiów:

1. Katarzyna Wojtkiewicz - kierunek Biotechnologia, studia inżynierskie, 2009-2010, stypendystka Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego za wybitne osiągnięcia w nauce w roku akademickim 2010/2011

2. Łukasz Król - kierunek Informatyka, studia inżynierskie, 2011-2012; studia magisterskie, 2012-2013

3. Agnieszka Zacher - kierunek Control, Electronics, and Information Engineering (Makrokierunek), studia inżynierskie, 2015-2016

4. Grzegorz Mrukwa - kierunek Control, Electronics, and Information Engineering (Makrokierunek), studia inżynierskie, 2015-2017, stypendysta Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego za wybitne osiągnięcia w nauce w roku akademickim 2016/2017

5. Konrad Niemiec - kierunek Control, Electronics, and Information Engineering (Makrokierunek), studia inżynierskie, 2015-2017

6. Michał Stolarczyk - kierunek Biotechnologia, specjalność Bioinformatyka, studia magisterskie, 2016-2017 (wraz z dr. Arturem Góra, Centrum Biotechnologii)

7. Sandra Gołdowska - kierunek Biotechnologia, specjalność Bioinformatyka, studia magisterskie, 2016-2017 (wraz z dr. Arturem Góra, Centrum Biotechnologii)

8. Magdalena Ługowska - kierunek Biotechnologia, specjalność Bioinformatyka, studia magisterskie, 2016-2017 (wraz z dr. Arturem Góra, Centrum Biotechnologii)

9. Paweł Pendziałek - kierunek Automatyka i Robotyka, studia inżynierskie, 2017-2021, beneficjent programu mentorskiego Rozwiń Skrzydła 2017

10. Agata Raczyńska - kierunek Biotechnologia, specjalność Bioinfomatyka, studia magisterskie (2019-2020)

Rozwiń/Zwiń



Zainteresowania naukowe:

1. Rozwój narzędzi bioinformatycznych oraz opracowanie szeregu algorytmów do analizy otrzymywanych z mikromacierzy DNA oraz cDNA danych o profilach ekspresji genów, w tym m.in.:

1.1. Zastosowanie techniki modelowania funkcji gęstości prawdopodobieństwa jako mieszaniny rozkładów gaussowskich (ang. GMM - Gaussian Mixture Model) do:

a) określania progów odcięcia poziomów szumu;

b) wnioskowania o mechanizmach biologicznych w badanych procesach na bazie grup genów o charakterystycznym wzorcu zmian w czasie/dawce;

c) analizy porównawczej wyników pozyskiwanych w różnorodnych warunkach eksperymentalnych oraz oszacowywania poziomu FDR (False Discovery Rate) w eksperymentach o niewielkiej liczbie powtórzeń biologicznych.

1.2. Zastosowanie modeli sieci bayesowskich do poszukiwań związków przyczynowo-skutkowych pomiędzy genami.

1.3. Przeprowadzenie analizy wpływu metod selekcji cech na wyniki klasyfikacji danych, ze szczególnym uwzględnieniem eksperymentów o relatywnie niewielkich wartościach wskaźnika SNR (Signal to Noise Ratio).

1.4. Opracowanie algorytmów doboru miar odległości wykorzystywanych w procesie biklasteryzacji.

1.5. Stworzenie algorytmów oraz opracowanie narzędzi bioinformatycznych pozwalających na korektę artefaktów pojawiających w trakcie procesu hybrydyzacji mikromacierzy DNA.

1.6. Stworzenie zmodyfikowanych systemów annotacji zestawów sond dla mikromacierzy DNA oraz macierzy promotorowych ChIp-on-chip.

2. Opracowanie szeregu modeli matematycznych znajdujących zastosowanie w analizie epidemiologii cukrzycy typu 1 w grupie dzieci, w tym m.in.:

2.1. Konstrukcję wielowymiarowych modeli epidemiologicznych zachorowalności na cukrzycę typu 1 w grupie dzieci wybranych rejonów Polski.

2.2. Opracowanie algorytmów pozwalających na ocenę sezonowości poziomów wyrównania metabolicznego wśród dzieci wybranych rejonów Polski chorujących na cukrzycę typu 1, zaproponowanie metody standaryzacji oraz korekty poziomów hemoglobiny glikolizowanej uwzględniającej trend wzrostowy lub spadkowy tego parametru w grupie dzieci o niestabilnym przebiegu choroby.

2.3. Opisanie zjawiska obciążenia statystycznego oceny poziomu ryzyka zachorowania na cukrzycę typu I w grupie dzieci w wieku 0-14 lat, powiązanego ze starszym wiekiem matki w momencie narodzin dziecka.



3. Implementacja i adaptacja technik konstrukcji modeli wielowymiarowych w zastosowaniu do analizy oddziaływań genetycznych w badaniach dotyczących poszukiwania tła genetycznego szeregu chorób oraz wybranych procesów molekularnych, w tym m.in.:

3.1. Przeprowadzenie badań wrażliwościowych algorytmu EM w zastosowaniu do oceny częstości haplotypów na podstawie danych o mutacjach sporadycznych.

3.2. Opracowanie i analiza modeli matematycznych procesu rekombinacji w genetyce populacyjnej. Zastosowanie opracowanych modeli do analizy danych o mutacjach krokowych i danych o mutacjach sporadycznych oraz do oceny historii liczebności populacji na podstawie próbek sekwencji DNA.

3.3. Opracowanie i dopasowanie modelu matematycznego dynamiki procesu naprawy dwuniciowych uszkodzeń DNA (test kometkowy, ocena poziomu aberracji chromosomalnych) w komórkach poddanych napromienianiu.

3.4. Konstrukcja modeli oddziaływania genetycznego mutacji w rejonie wybranych genów odpowiedzi immunologicznej w powiązaniu z czynnikami środowiskowymi oraz ocena ich wpływu na występowanie oraz przebieg chorób tarczycy.

3.5. Opracowanie metodyki analizy danych typu GWAS (Genome-Wide Association Studies) w zastosowaniu do poszukiwania tła genetycznego radiowrażliwości dla przypadku niestandardowych planów eksperymentu na przykładzie badań prowadzonych w grupie wybranych szczepów wsobnie hodowanych myszy.

3.6. Adaptacja metodyki analizy danych pozyskiwanych z wykorzystaniem macierzy SNP-owych dla celów określenia procesów biologicznych różnicujących poziom promieniowrażliwości pacjentów poddanych radioterapii – opracowanie technik uwzględniających efekt wielokrotnego testowania w odniesieniu do prób o niewielkiej liczności i ograniczonej mocy testów statystycznych oraz zaproponowanie algorytmów statystycznej walidacji wyników w grupie bliźniąt dizygotycznych.



4. Opracowanie algorytmów przetwarzania i analizy sygnałów w proteomice i obrazowaniu molekularnym, w tym m.in.:

4.1. Dokonanie analizy porównawczej metod wstępnego przetwarzania widm MALDI ToF: procedur filtracji szumów, algorytmów usuwania linii bazowej, uliniawiania (ang. alignment) i normalizacji sygnałów oraz określenie optymalnego, w sensie identyfikacji ilościowej peptydów, schematu obróbki sygnału.

4.2. Zaproponowanie narzędzi statystycznych do automatycznej identyfikacji widm o zbyt małej i zbyt dużej energii, implementacja algorytmów z wykorzystaniem technik modelowania GMM.

4.3. Zastosowanie metody GMM do modelowania profilu białkowego, opracowanie algorytmu doboru warunków początkowych oraz liczby składowych modelu wykorzystującego ciągłą transformację falkową widma.



5. Opracowanie, wykorzystujących m.in. metody GMM, algorytmów analizy danych pozyskiwanych w badaniach magnetycznego rezonansu jądrowego: w tym obrazów T1-zależnych, T2-zależnych oraz obrazowaniu dyfuzyjnym; pozwalających na identyfikację oraz klasyfikację zmian nowotworowych w obszarze mózgu. Rozwinięcie tych metod dla celów automatycznej identyfikacji obszarów zmian nowotworowych w badaniach nisko- i wysokodawkowej tomografii komputerowej płuc.



6. Modyfikacja i implementacja algorytmów analizy danych dotyczących poziomów ekspresji miRNA otrzymywanych z wykorzystaniem macierzy qPCR na przykładzie poszukiwania sygnatury molekularnej wczesnego raka płuca, w tym m.in.:

6.1. Zastosowanie technik biklasteryzacji oraz metod GMM do określenia podzbioru osób/cech o najwyższym poziomie spójności w celu identyfikacji osób o relatywnie zbyt dużym poziomie brakujących danych;

6.2. Adaptacja algorytmu kNN (k – Nearest Neighbours, k – najbliższych sąsiadów) do imputacji brakujących danych;

6.3. Opracowanie algorytmów normalizacji danych oraz identyfikacji i usuwania tzw. „efektu paczki” w macierzach qPCR;

6.4. Ocena jakości algorytmów predykcji potencjalnych obszarów oddziaływań miRNA.



7. Zaprojektowanie metod statystycznej analizy porównawczej profili metylacji genomu osób z rozpoznaną de novo oraz wtórną (indukowaną) białaczką AML. Opracowanie algorytmów integracji wyników na poziomie genów i wybranych obszarów genomowych.

Rozwiń/Zwiń



Lista publikacji:

1. Agnieszka Toma-Jonika, Patryk Janus, Joanna Korfanty, Marek Chadalski, Katarzyna Mrowiec, Piotr Widłak, Natalia Vydra, Anna Paszek, Marek Rusin, Joanna Polańska, Wiesława Widłak, Pro-death signaling of cytoprotective Heat Shock Factor 1: up-regulation of NOXA leading to apoptosis in heat-sensitive cells. Cell Death and Differentiation, 2020, in press

2. Justyna Mika, Sylwia Kabacik, Christophe Badie, Joanna Polanska and Serge M. Candéias: Germline DNA retention in murine and human rearranged T cell receptor gene coding joints: alternative recombination signal sequences and V(D)J recombinase errors. Frontiers in Immunology, 2019, 10:2637, doi: 10.3389/fimmu.2019.02637

3. O'Brien G., Cruz-Garcia L., Zyla J., Brown N., Finnon R., Polanska J., Badie C.: Kras mutations and PU.1 promoter methylation are new pathways in murine radiation-induced AML, Carcinogenesis, 2019, doi: 10.1093/carcin/bgz175

4. Marta Gawin, Agata Kurczyk, Ewa Stobiecka, Katarzyna Frątczak, Joanna Polańska, Monika Pietrowska, Piotr Widłak: Molecular heterogeneity of papillary thyroid cancer: comparison of primary tumors and synchronous metastases in regional lymph nodes by mass spectrometry imaging. Endocrine Pathology, 2019, doi: 10.1007/s12022-019-09593-2

5. Joanna Zyla; Michal Marczyk; Teresa Domaszewska; Stefan H.E. Kaufmann; Joanna Polanska; January Weiner: Gene set enrichment for reproducible science: comparison of CERNO and eight other algorithms. Bioinformatics, 2019, doi: 10.1093/bioinformatics/btz447

6. Jablonska P, Mierzejewska P, Kutryb-Zajac B, Rzyman W, Dziadziuszko R, Polanska J, Sitkiewicz M, Smolenski RT, Slominska EM. Increased plasma concentration of 4-pyridone-3-carboxamide-1-ß-D-ribonucleoside (4PYR) in lung cancer. Preliminary studies. Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2019, 38(10):781-787, doi: 10.1080/15257770.2019.1600705

7. Topór-Mądry Roman, Wojtyniak Bogdan, Strojek Krzysztof, Rutkowski Daniel, Bogusławski Stefan, Ignaszewska-Wyrzykowska Agata, Jarosz-Chobot Przemysława, Czech Marcin, Kozierkiewicz Adam, Chlebus Krzysztof, Jędrzejczyk Tadeusz, Myśliwiec Małgorzata, Polanska Joanna, Wysocki Mirosław, Zdrojewski Tomasz: Prevalence of diabetes in Poland: a combined analysis of national databases. Diabetic Medicine, 2019, doi: 10.1111/dme.13949

8. Ostrowski Marcin, Marczyk Michał, Dziedzic Robert, Jelitto-Górska Małgorzata, Marjański Tomasz, Pisiak Sylwia, Jędrzejczyk Tadeusz, Polańska Joanna, Zdrojewski Tomasz, Wojtyniak Bogdan, Rzyman Witold: Lung cancer and comorbidities in lung cancer screening participants. Five-year follow-up of Gdańsk screening cohort. European Journal of Public Health, 2019, 29(6), p. 1114-7

9. Agata Chobot, Joanna Stompór, Karolina Szyda, Magdalena Sokołowska, Grażyna Deja, Joanna Polanska, Przemysława Jarosz-Chobot: Remission phase in children diagnosed with type 1 diabetes (T1DM) in years 2012-2013 in Silesia, Poland – an observational study. Pediatric Diabetes, 2019, 20(3):286-292 doi:10.1111/pedi.12824

10. Aleksandra Pfeifer, Dagmara Rusinek, Jadwiga Żebracka-Gala, Agnieszka Czarniecka, Ewa Chmielik, Ewa Zembala-Nożyńska, Bartosz Wojtaś, Bartłomiej Gielniewski, Sylwia Szpak-Ulczok, Małgorzata Oczko-Wojciechowska, Jolanta Krajewska, Joanna Polańska, Barbara Jarząb: Novel TG-FGFR1 and TRIM33-NTRK1 Transcript Fusions in Papillary Thyroid Carcinoma, Genes, Chromosomes and Cancer, 2019, 58(8):558–566, doi: 10.1002/gcc.22737

11. Agata Abramowicz, Anna Wojakowska, Lukasz Marczak, Malgorzata Lysek-Gladysinska, Mateusz Smolarz, Michael Story, Joanna Polanska, Piotr Widlak, Monika Pietrowska: Ionizing radiation affects the composition of the proteome of extracellular vesicles released by head and neck cancer cells in vitro, Journal Radiation Research, 2019, 60(3):289-297, doi: 10.1093/jrr/rrz001

12. Zyla J., Kabacik S., O'Brien G., Wakil S., Al-Harbi N., Kaprio J., Badie C., Polanska J. and Alsbeih G.: Combining CDKN1A gene expression and genome wide SNPs in a twin cohort to gain insight into heritability of individual radiosensitivity, Functional and Integrative Genomics, 2019, 19:575–585 doi:10.1007/s10142-019-00658-3

13. Katarzyna Bednarczyk, Marta Gawin, Mykola Chekan, Agata Kurczyk, Grzegorz Mrukwa, Monika Pietrowska, Joanna Polańska, Piotr Widłak: Discrimination of normal oral mucosa from oral cancer by mass spectrometry imaging of proteins and lipids, International Journal of Molecular Histology, 2019; 50(1):1-10, doi: 10.1007/s10735-018-9802-3

14. Papiez, Anna, Michal Marczyk, Joanna Polanska, and Andrzej Polanski. "BatchI: Batch effect Identification in high-throughput screening data using a dynamic programming algorithm." Bioinformatics 35, no. 11 (2019): 1885.

15. Papiez Anna, Badie Christophe, Polanska Joanna: Machine learning techniques combined with dose profiles indicate radiation response biomarkers. International Journal of Applied Mathematics and Computer Science, 2019, 29(1), pp.169-178, doi:10.2478/amcs-2019-0013.

16. Marczyk M, Jaksik R, Polanski A, Polanska J: GaMRed – adaptive filtering of high-throughput biological data. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2019, doi: 10.1109/TCBB.2018.2858825

17. Anna Papiez, Omid Azimzadeh, Tamara Azizova, Maria Moseeva, Natasa Anastasov, Jan Smida, Soile Tapio, and Joanna Polanska: Integrative multi-omics study for validation of mechanisms in radiation-induced ischemic heart disease in Mayak workers, 2018, PLOS ONE 13(12): e0209626.

18. Corina Cuceu, Bruno Colicchio, Eric Jeandidier, Steffen Junker, Grace Shim, François Plassa, Justyna Mika, Monika Frenzel, Mustafa Al Jawhari, William M. Hempel, Grainne O'brien, Aude Lenain, Luc Morat, Théodore Girinsky, Alain Dieterlen, Joanna Polanska, Christophe Badie, Patrice Carde, Radhia M'kacher: Independent mechanisms lead to genomic instability in Hodgkin lymphoma: Microsatellite or chromosomal instability. Cancers (Basel), 2018, 10(7): E233. doi:10.3390/cancers10070233.

19. Ewa Rusak, Anna Rotarska-Mizera, Piotr Adamczyk, Bogdan Mazur, Joanna Polanska and Agata Chobot: Markers of anemia in children with type 1 diabetes, Journal of Diabetes Research, 2018, ID 5184354, 7 pages, https://doi.org/10.1155/2018/5184354

20. Robert Dziedzic, Tomasz Marjański, Franciszek Bińczyk, Joanna Polańska, Wioletta Sawicka, Witold Rzyman, Favourable outcomes in early-stage non-small cell lung cancer patients operated by VATS - a propensity score-matched analysis. European Journal of Cardio-Thoracic Surgery, 2018, 54(3): 547–553, doi: 10.1093/ejcts/ezy101

21. Agnieszka Cecotka, Joanna Polanska: Region-specific methylation profiling in acute myeloid leukemia. Interdisciplinary Sciences - Computational Life Sciences, 2018, 10(1):33-42, doi: 10.1007/s12539-018-0285-4

22. Anna Wojakowska, Laura M. Cole, Mykola Chekan, Katarzyna Bednarczyk, Magdalena Maksymiak, Małgorzata Oczko-Wojciechowska, Barbara Jarzab, Malcolm R. Clench, Joanna Polańska, Monika Pietrowska, Piotr Widlak: Discrimination of papillary thyroid cancer from non-cancerous thyroid tissue based on lipid profiling by mass spectrometry imaging, Endokrynol Pol 2018; 69 (1): 2–8, DOI: 10.5603/EP.a2018.0003

23. Anna Walaszczyk, Katarzyna Szołtysek, Karol Jelonek, Joanna Polanska, Wolfgang Dörr, Julia Haagen, Piotr Widłak, Dorota Gabryś: Heart irradiation reduces microvascular density and accumulation of HSPA1 in mice, Strahlentherapie und Onkologie, 2018, 194:235-242, Epub 23rd October 2017, doi:10.1007/s00066-017-1220-z

24. Polanski A, Marczyk M, Pietrowska M, Widlak P, Polanska J: Initializing the EM Algorithm for Univariate Gaussian, Multi-Component, Heteroscedastic Mixture Models by Dynamic Programming Partitions, International Journal of Computational Methods, 2018, 15(3): 1850012 (21 pages), doi: 10.1142/S0219876218500123

25. Chobot Agata, Ewa Rusak, Janet Wenzlau, Howard Davidson, Piotr Adamczyk, Agnieszka Krzywicka, Bogdan Mazur, Joanna Polanska, Marian Rewers: ATP4A autoimmunity in pediatric patients with type 1 diabetes and its relationship to blood count, iron metabolism and vitamin B12. Pediatric Diabetes, 2018, 19:80-84, Epub April 12, 2017, doi: 10.1111/pedi.12528

26. Anna Glodek, Joanna Polańska: Method for mass spectrometry spectrum deisotoping based on fuzzy inference systems. Mathematica Applicanda, 46(1):77-86, 2018 oraz XXIV Krajowa Konferencja Zastosowań Matematyki w Biologii i Medycynie, 3-7 września 2018, Zakopane-Kościelisko. doi: 10.14708/ma.v46i1.6384

27. Ros-Mazurczyk Małgorzata; Anna Wojakowska; Lukasz Marczak; Krzysztof Polanski; Monika Pietrowska; Joanna Polanska; Rafal Dziadziuszko; Jacek Jassem; Witold Rzyman; Piotr Widlak: Panel of serum metabolites discriminates cancer patients and healthy participants of lung cancer screening - a pilot study. Acta Biochimica Polonica, 2017, 64 (3):513-518, Epub August 10, doi: 10.18388/abp.2017_1517

28. Ros-Mazurczyk M, Jelonek K, Marczyk M, Binczyk F, Pietrowska M, Polanska J, Dziadziuszko R, Jassem J, Rzyman W, Widlak P: Serum lipid profile discriminates patients with early lung cancer from healthy controls. Lung Cancer, 2017, 112:69-74; doi:10.1016/j.lungcan.2017.07.036

29. Serge M. Candeias, Justyna Mika, Paul Finnon, Tom Verbiest, Rosemary Finnon, Natalie Brown, Simon Bouffler, Joanna Polanska, Christophe Badie. Low-dose radiation accelerates aging of the T-cell receptor repertoire in CBA/Ca mice. Cellular and Molecular Life Sciences 74, 4339–4351 (2017) doi:10.1007/s00018-017-2581-2

30. Zyla J, Marczyk M, Weiner J, Polanska J: Ranking metrics in Gene Set Enrichment Analysis: do they matter? BMC Bioinformatics, 2017, 18(1):256, doi:10.1186/s12859-017-1674-0

31. Labaj Wojciech, Papiez Anna, Polanski Andrzej, Polanska Joanna: Comprehensive analysis of MILE gene expression data set advances discovery of leukaemia type and subtype biomarkers. Interdiscip Sci Comput Life Sci, 2017, 9(1):24–35, doi: 10.1007/s12539-017-0216-9

32. Chobot A, Polanska J, Brandt A, Deja G, Glowinska-Olszewska B, Pilecki O, Szadkowska A, Mysliwiec M, Jarosz-Chobot P: Updated 24-year trend of type 1 diabetes incidence in children in Poland reveals a sinusoidal pattern and sustained increase. Diabetic Medicine, 2017, 34(9):1252-1258; doi: 10.1111/dme.13345

33. Dziedzic R, Zurek W, Marjanski T, Rudzinski P, Orlowski TM, Sawicka W, Marczyk M, Polanska J, Rzyman W: Stage I non-small cell lung cancer. Long-term results of lobectomy versus sublobar resection from the Polish National Lung Cancer Registry. European Journal of Cardio-Thoracic Surgery, 2017, 52(2):363–369, doi: 10.1093/ejcts/ezx092

34. Walaszczyk Anna, Pietrowska Monika, Wojakowska Anna, Abramowicz Agata, Chmura Aleksandra, Maslyk Barbara, Rodziewicz Paweł, Polanska Joanna, Behrendt Katarzyna, Nowicka Elzbieta, Tarnawski Rafal and Widlak Piotr: Therapy-Related Changes in the Serum Proteome Patterns of Early Stage Breast Cancer Patients with Different Outcomes, Protein and Peptide Letters, 2017, 24(1):37-45, DOI: 10.2174/0929866523666161128154412

35. Pietrowska Monika; Hanna Diehl; Grzegorz Mrukwa; Magdalena Kalinowska-Herok; Marta Gawin; Mykola Chekan; Julian Elm; Grzegorz Drazek; Anna Krawczyk; Dariusz Lange; Helmut E Meyer; Joanna Polanska; Corinna Henkel; Piotr Widlak: Molecular profiles of thyroid cancer subtypes: classification based on features of tissue revealed by mass spectrometry imaging. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS, 2017, 1865(7):837-45, DOI: 10.1016/j.bbapap.2016.10.006

36. Binczyk Franciszek, Bram Stjelties, Christian Weber, Michael Goetz, Klaus Maier-Hein, Hans-Peter Meinzer, Barbara Bobek-Billewicz, Rafal Tarnawski, Joanna Polanska: MiMSeg - an algorithm for automated detection of tumor tissue on NMR apparent diffusion coefficient maps. Information Sciences, 2017, 384:235-248, doi:10.1016/j.ins.2016.07.052

37. Kula D, M Kalemba, Z Puch, J Polanska, D Handkiewicz-Junak, M Swierniak, D Rusinek, J Żebracka-Gala, M Kowalska, M Kowal, T Tyszkiewicz, E Piasna, A Czarniecka, A Pawlaczek, J Krajewska, S Szpak-Ulczok, B Jarząb: Age of diagnosis and gender modify the risk of 9q22, 14q13 polymorphisms for papillary thyroid carcinoma. Endokrynologia Polska, 2017, 68(3):283-289, doi: 10.5603/EP.2017.0021

38. Freitag M, Maier-Hein KH, Binczyk F, Laun FB, Weber C, Bonekamp D, Tarnawski R, Bobek-Billewicz B, Polanska J, Majchrzak H, Stjeltjes B: Early detection of malignant transformation in resected WHO II low-grade glioma using diffusion tensor-derived quantitative measures. PLoS ONE 2016, 11(10): e0164679, DOI:10.1371/journal.pone.0164679

39. Bobowicz M, Skrzypski M, Czapiewski P, Marczyk M, Maciejewska A, Jankowski M, Szulgo-Paczkowska A, Zegarski W, Pawlowski R, Polanska J, Biernat W, Jaskiewicz J, Jassem J: Prognostic value of 5-microRNA based signature in T2-T3N0 colon cancer. Clinical & Experimental Metastasis, 2016, 33:765–773, DOI 10.1007/s10585-016-9810-1

40. Widlak P, Pietrowska M, Polanska J, Marczyk M, Ros M, Dziadziuszko R, Jassem J, Rzyman W: Serum mass profile signature as a biomarker of early lung cancer. Lung Cancer, 2016, 99:46-52, http://dx.doi.org/10.1016/j.lungcan.2016.06.011

41. Badie C., Blachowicz A., Barjaktarovic Z., Finnon R., Michaux A., Sarioglu H., Brown N., Benotmane M.A., Tapio S., Polanska J., Bouffler S.D.: Transcriptomic and proteomic analysis of mouse radiation–induced acute myeloid leukaemia (AML). Oncotarget, 2016, 7(26):40461-80, doi:10.18632/oncotarget.9626

42. Pietrowska M, Gawin M, Polanska J, Widlak P: Tissue fixed with formalin and processed without paraffin embedding is suitable for imaging of both peptides and lipids by MALDI-IMS. Proteomics, 2016, 16(11-12):1670-7, doi: 10.1002/pmic.201500424

43. Widlak P, Mrukwa G, Kalinowska M, Pietrowska M, Chekan M, Wierzgon J, Gawin M, Drazek G, Polanska J: Detection of molecular signatures of oral squamous cell carcinoma and normal epithelium – application of a novel methodology for unsupervised segmentation of imaging mass spectrometry data. Proteomics, 2016, 16(11-12):1613-21, DOI: 10.1002/pmic.201500458

44. Goetz M, C Weber, F Binczyk, J Polanska, R Tarnawski, B Bobek-Billewicz, U Koethe, HP Meinzer, B Stieltjes, KH. Maier-Hein: DALSA: Domain Adaptation for Supervised Learning from Sparsely Annotated MR Images. IEEE Transaction on Medical Imaging, 2016, 35(1):184-96, doi: 10.1109/TMI.2015.2463078

45. Danielsson D, Brehwens K, Halle M, Marczyk M, Sollazzo A, Polanska J, Munck-Wikland E, Wojcik A, Haghdoost S: Influence of genetic background and stress response on risk of mandibular osteoradionecrosis after radiotherapy of head and neck cancer. Head and Neck, 2016, 38(3):387-93 DOI: 10.1002/hed.23903

46. Binek A, Rembierz-Knoll A, Polanska J, Jarosz-Chobot P: Reasons for the discontinuation of therapy of personal insulin pump in children with type 1 diabetes. Pediatr Endocrinol Diabetes Metab 2016; 21(2):65-69

47. Ros-Mazurczyk Malgorzata, Jelonek Karol, Pietrowska Monika, Zagdanski Adam, Suchwalko Agnieszka, Jastrzab Tomasz, Polanska Joanna, Chawińska Ewa, Majewski Wojciech, Dominczyk Iwona, Rutkowski Tomasz, Miszczyk Leszek, Składowski Krzysztof, Widlak Piotr: Radiotherapy-Induced Changes in Serum Lipid Profile of Patients with Prostate or Head and Neck Cancer. Jacobs Journal of Radiation Oncology, 2016, 3(2):030

48. Abramowicz A, Wojakowska A, Gdowicz-Klosok A, Polanska J, Rodziewicz P, Polanowski P, Namysk-Kaletka A, Pietrowska M, Wydmanski J, Widlak P: Identification of serum proteome signatures of locally advanced metastatic gastric cancer – a pilot study. Journal of Translational Medicine, 2015 Sep 17, 13:304, doi: 10.1186/s12967-015-0668-9

49. Polanski A, Marczyk M, Pietrowska M, Widlak P, Polanska J: Signal Partitioning Algorithm for Highly Efficient Gaussian Mixture Modeling in Mass Spectrometry. PLOS ONE, 2015, 10(7): e0134256, doi:10.1371/journal.pone.0134256

50. Binczyk F, Tarnawski R, Polanska J: Strategies for optimizing the phase correction algorithms in Nuclear Magnetic Resonance spectroscopy. BioMedical Engineering OnLine, 2015, 14(S2):S5, doi:10.1186/1475-925X-14-S2-S5

51. Widlak P, K Jelonek, A Wojakowska, M Pietrowska, J Polanska, L Marczak, L Miszczyk, K Skladowski: Serum proteome signature of radiation response: upregulation of acute response factors, and downregulation of apolipoproteins and coagulation factors in cancer patients subjected to radiotherapy. International Journal of Radiation Oncology, Biology, Physics, 2015, 92(5):1108-1115, doi:10.1016/j.ijrobp.2015.03.040 Epub 7 April 2015

52. Chobot A, Polanska J, Deja G, Jarosz-Chobot P: Epidemiology of type 1 diabetes among Silesian children aged 0-14 years – 24 years of observations. Acta Diabetologica 2015, 52:483-488, doi: 10.1007/s00592-014-0682-z

53. Aneta Wegierek-Ciuk, Michal Arabski, Piotr Kedzierawski, Agnieszka Florek, Dariusz Solowiej, Stanislaw Gozdz, Halina Lisowska, Artur Kowalik, Magdalena Kowalska, Andrzej Wojcik, Joanna Polanska, Anna Lankoff: Searching for in vitro biomarkers of susceptibility to prostate and cervical cancers by analysis of chromosomal instability, γ-H2AX foci, polymor-phisms in DNA repair genes and apoptosis, Journal of Pre-Clinical and Clinical Research, 2015, Vol 9, No 2, 97-104

54. Pietrowska Monika, Karol Jelonek, Joanna Polanska, Anna Wojakowska, Lukasz Marczak, Ewa Chawinska, Leszek Miszczyk, Piotr Widlak: Partial-body irradiation in patients with prostate cancer treated with IMRT has a little effect on the composition of serum proteome. Proteomes, 2015, 3, 117-131, doi:10.3390/proteomes3030117

55. Agata Chobot, Joanna Polanska , Grazyna Deja, Przemyslawa Jarosz-Chobot: Incidence of type 1 diabetes among Polish children ages 0–14 years from 1989–2012. Acta Diabetologica 2015, 52:483–488, DOI 10.1007/s00592-014-0682-z

56. Machnica L, G. Deja, J. Polanska, P. Jarosz-Chobot: Blood pressure disturbances and endothelial damage in children and adolescents with type 1 diabetes. Atherosclerosis, 2014, vol.9, 237(1):129-134, doi:10.1016/j.atherosclerosis.2014.09.006

57. Deperas M, Bajinskis A, Marczyk M, Polanska J, Wersall P, Lidbrink E, Ainsbury EA, Guipaud O, Benderitter M, Haghdoost S, Wojcik A: Radiation induced changes in levels of selected proteins in peripheral blood serum of breast cancer patients as a potential triage biodosimeter for large scale radiological emergencies. Health Physics, 2014, 107(6):555-563, doi:10.1097/HP.0000000000000158

58. Stanczyk J, Chobot A, , Polanska J, Jarosz-Chobot P: Patients with type 1 diabetes transition from pediatric to adult care in Poland – an example from Silesia. International Journal of Diabetes in Developing Countries, 34 (4):224-228, 2014

59. Chobot A, Wenzlau J, Bąk-Drabik K, Kwiecień J, Polanska J, Rewers M: ATP4A autoimmunity and Helicobacter pylori infection in children with type 1 diabetes. Clinical and Experimental Immunology, 2014, 177(3):598-602, doi:10.1111/cei.12363

60. Pietrowska M, Jelonek K, Michalak M, Gdowicz-Kłosok A, Ros M, Rodziewicz P, Chmielewska K, Polanski K, Polanska J, Goglok M, Suwinski R, Tarnawski R, Dziadziuszko R, Rzyman W, Widlak P: Identification of serum proteome components associated with progression of non-small cell lung cancer. Acta Biochimica Polonica, 2014, vol. 61(2):325-331

61. Jelonek K, Pietrowska M, Ros M, Zagdanski A, Suchwałko A, Polanska J, Marczyk M, Rutkowski T, Składowski K, Clench MR, Widłak P: Radiation-induced changes in serum lipidome of head and neck cancer patients. International Journal of Molecular Sciences, 2014, 15(4), p. 6609-6624, doi:10.3390/ijms15046609

62. Chobot A. Bąk-Drabik K. Skała-Zamorowska E. Krzywicka A. Kwiecień J. Polanska J: Helicobacter pylori Infection in Type 1 Diabetes Children and Adolescents Using 13C Urea Breath Test. Polish Journal of Microbiology 2014, 63(1):63–67

63. Zyla J. Finnon P. Bulman R. Bouffler S. Badie C. Polanska J: Seeking genetic signature of radiosensitivity - a novel method for data analysis in case of small sample sizes, Theoretical Biology and Medical Modelling  2014, 11(S1), doi:10.1186/1742-4682-11-S1-S2

64. Jaksik R, Marczyk M, Polanska J, Rzeszowska-Wolny J: Sources of high variance between probe signals in Affymetrix short oligonucleotide microarrays. Sensors, 2014, 14(1):532-548, doi:10.3390/s140100532

65. Deja G. Borowiec M. Fendler W. Pietrzak I. Szadkowska A. Machnica L. Polanska J. Mlynarski W. Jarosz-Chobot P: Non-dipping and arterial hypertension depend on clinical factors rather than on genetic variability of ACE and RGS2 genes in patients with type 1 diabetes. Acta Diabetologica, 2014 51(4):633-40 DOI:10.1007/s00592-014-0568-0

66. Widlak P. Pietrowska M. Polanska J. Rutkowski T. Jelonek K. Kalinowska-Herok M. Gdowicz-Kotowicz A. Wygoda A. Tarnawski R. Skladowski K: Radiotherapy-related changes in serum proteome patterns of head and neck cancer patients; the effect of low and medium doses of radiation delivered to large volumes of normal tissue. Journal of Translational Medicine. 2013. 11:299. doi:10.1186/1479-5876-11-299

67. Marczyk M, Jaksik R, Polanski A, Polanska J: Adaptive filtering of microarray expression data based on Gaussian mixture decomposition. BMC Bioinformatics 2013, 14(1):101 doi:10.1186/1471-2105-14-101

68. Jurecka-Lubieniecka B. Ploski R. Kula D. Krol A. Bednarczuk T. Kolosza Z. Tukiendorf A. Szpak-Ulczok S. Stanjek-Cichoracka A. Polanska J. Jarzab B: Association between age at diagnosis of Graves' disease and variants in genes involved in immune response. PLoS ONE. 2013. 8(3): e59349. doi:10.1371/journal.pone.0059349

69. Kus-Liskiewicz M. Polanska J. Korfanty J. Olbryt M. Vydra N. Toma A and Widlak W: Impact of Heat Shock Transcription Factor 1 on global gene expression profiles in cells which induce either cytoprotective or pro-apoptotic response following hyperthermia. BMC Genomics. 2013. 14:456. doi:10.1186/1471-2164-14-456

70. Pietrowska M, Polanska J, Suwinski R, Widel M, Rutkowski T, Marczyk M, Dominczyk I, Ponge L, Marczak L, Polanski A, Widlak P: Comparison of peptide cancer signatures identified by mass spectrometry in serum of patients with head and neck, lung and colorectal cancers: Association with tumor progression. International Journal of Oncology 2012, 40(1):148-156

71. Kaminska-Winciorek G. Deja G. Polanska J. Jarosz-Chobot P: Diabetic microangiopathy in capillaroscopic examination of juveniles with diabetes type 1. Advances in Hygiene and Experimental Medicine, vol. 66, p.51-59, 2012

72. Polanska J. Plechawska M. Pietrowska M. Marczak L: Gaussian Mixture decomposition in the analysis of MALDI-ToF spectra, Expert Systems, 2012, vol.29, no 3, p. 216-231 DOI: 10.1111/j.1468-0394.2011.00582.x

73. Kaminska-Winciorek G. Deja G. Jarosz-Chobot P. Polanska J: The role of selected metalloproteinases in cheiroarthropathy in children with type 1 diabetes-a pilotage study, International Journal of Clinical Practice, vol.66(4) p.374-377, 2012 DOI: 10.1111/j.1742-1241.2011.02702.x

74. Chobot AP. Haffke A. Polanska J. Halaba ZP. Deja G. Jarosz-Chobot P. Pluskiewicz W: Quantitative ultrasound bone measurements in pre-pubertal children with type 1 diabetes. Ultrasound in Medicine and Biology, 2012, 38(7):1109-1115 doi: 10.1016/j.ultrasmedbio.2012.02.012

75. Jarosz-Chobot P. Polanska J. Myśliwiec M. Szadkowska A. Fendler W. Kamińska H. M Chumiecki M. Mianowska B. Techmańska I. Sztangierska B. Młynarski W. on behalf PolPeDiab study group: Multicenter cross-sectional analysis of values of glycated haemoglobin (HbA1c) in Polish children and adolescents with long-term type 1 diabetes in Poland: PolPeDiab study group, Pediatric Endocrinology, Diabetes and Metabolism, 2012, 18(4):125-129

76. Jarosz-Chobot P. Polanska J. Szadkowska A. Kretowski A. Bandurska-Stankiewicz E. Ciechanowska M. Deja G. Mysliwiec M. Peczynska J. Rutkowska J. Sobel-Maruniak A. Fichna P. Chobot A. Rewers M: Rapid increase in the incidence of type 1 diabetes in Polish children 1989-2004 and predictions for 2010-2025 – Diabetologia 2011 Mar; 54(3):508-515

77. Pietrowska M. Polanska J. Walaszczyk A. Wygoda A. Rutkowski T. Skladowski K. Marczak L. Stobiecki M. Marczyk M. Polanski A. Widlak P: Association between plasma proteome profiles analyzed by mass spectrometry, a lymphocyte-based DNA-break repair assay and radiotherapy-induced acute mucosal reaction in head and neck cancer patients. International Journal of Radiation Biology 2011, 87(7):711-719

78. Widlak P. Pietrowska M. Wojtkiewicz K. Rutkowski T. Wygoda A. Marczak Ł. Marczyk M. Polanska J. Walaszczyk A. Dominczyk I. Składowski K. Stobiecki M. Polanski A: Radiation-related changes in serum proteome profiles detected by mass spectrometry in blood of patients treated with radiotherapy due to larynx cancer. Journal of Radiation Research 2011, 52(5):575-581

79. Chmura A. Deja R, Mrochem-Kwarciak J. Masłyk B. Polanska J. Pietrowska M. Ponge L. Behrendt K. Nowicka K. Tarnawski R. Widlak P: Analiza zmian osteopontyny w osoczu krwi chorych leczonych z powodu nisko zaawansowanego raka piersi. Onkologia Info 2011, tom 8 nr 1 (38), str.4-19

80. Jarosz-Chobot P. Deja G. Polanska J: Epidemiology of type 1 diabetes among Silesian children aged 0-14, 1989-2005. Acta Diabetologica, Acta Diabetol 47:29-33, 2010

81. Cardwell CR. Stene LC. Joner G. Davis EA. Cinek O. Rosenbauer J. Ludvigsson J. Castell C. Svensson J. Goldacre MJ. Waldhoer T. Polanska J. Gimeno SG. Chuang LM. Parslow RC. Wadsworth EJ. Chetwynd A. Pozzilli P. Brigis G. Urbonaitė B. Sipetić S. Schober E. Ionescu-Tirgoviste C. de Beaufort CE. Stoyanov D. Buschard K. Patterson CC: Birthweight and the risk of childhood-onset type 1 diabetes: a meta-analysis of observational studies using individual patient data. Diabetologia, 2010, 53(4):641-51

82. Herok R. Konopacka M. Polanska J. Swierniak A. Rogolinski J. Jaksik R. Hancock R. Rzeszowska-Wolny J: Bystander effects induced by medium from irradiated cells: similar transcriptome responses in irradiated and bystander K562 cells. International Journal of Radiation Oncology Biology Physics, 2010 May 1; 77(1):244-52

83. Bozek A. Krajewska J. Filipowska B. Polanska J. Rachowska R. Grzanka A. Jarzab J: HLA status in patients with chronic spontaneous urticaria, International Archives of Allergy and Immunology, Int Arch Allergy Immunol. 2010 Jun 18;153(4):419-423

84. Chobot A. Haffke A. Polanska J. Halaba Z. Deja G. Jarosz-Chobot P. Pluskiewicz W: Bone status in adolescents with type 1 diabetes, Diabetologia, 2010 Aug; 53(8):1754-60

85. Pietrowska M. Polanska J. Marczak L. Behrendt K. Nowicka E. Stobiecki M. Polanski A. Tarnawski R. Widlak P: Mass spectrometry-based analysis of therapy-related changes in serum proteome patterns of patients with early-stage breast cancer, Journal of Translational Medicine, J Transl Med, 2010, August 8:66

86. Pietrowska M. Marczak L. Polanska J. Nowicka E. Behrent K. Tarnawski R. Stobiecki M. Polanski A. Widlak P: Optimizing of MALDI-ToF-based low-molecular-weight serum proteome pattern analysis in detection of breast cancer patients; the effect of albumin removal on classification performance. Neoplasma. 2010; 57(6):537-544

87. Wojtkiewicz K. Marczyk M. Polanska J. Polanski A. Marczak Ł. Stobiecki M. Pietrowska M. Domińczyk I. Behrendt K. Nowicka E. Tarnawski R. Widlak P: Wykorzystanie spektrometrii mas do analizy proteomu surowicy chorych na raka piersi. Onkologia Info 2010, 7(2):40-47

88. Binczyk F. Tarnawski R. Polanska J: Mixture model of NMR and its application to diagnosis and treatment of brain cancer. Archives of Control Science 2010, 20(4):457-472

89. Jaksik R. Polanska J. Herok R. Rzeszowska-Wolny J: Calculation of reliable transcript levels of annotated genes on the basis of multiple probe-sets in Affymetrix microarrays. Acta Biochim Pol 2009 56(2):271-277

90. Minkina–Pedras M. Jarosz-Chobot P. Polanska J. Kalina MA. Marcinkowski A. Malecka-Tendera E: Prospective assessment of continuous subcutaneous insulin infusion therapy in young children with type 1 diabetes. Diabetes Research and Clinical Practice, Diabetes Res Clin Pr 2009 85:153-158

91. Pietrowska M. Marczak L. Polanska J. Behrendt K. Nowicka E. Walaszczyk A. Chmura A. Deja R. Stobiecki M. Polanski A. Tarnawski R. Widlak P: Mass spectrometry-based serum proteome pattern analysis in molecular diagnostics of early stage breast cancer, Journal of Translational Medicine, J Transl Med 2009 7:60

92. Patterson CC. Dahlquist GG. Gyürüs E. Green A. Soltész G. and the EURODIAB Study Group (Schober E. Waldhoer T. Weets I. Rooman R. Gorus F. Cinek O. Sumnik Z. Svensson J. Mortensen H. Harjutsalo V. Sjöberg L. Tuomilehto J. Rosenbauer J. Giani G. Neu A. Ehehalt S. Soltész G. Gyürüs E. Urbonaite B. Zalinkevicius R. Marciulionyte D. de Beaufort C. Schierloh U. Joner G. Skrivarhaug T. Jarosz-Chobot P. Deja G. Polanska J. Ionescu-Tirgoviste C. Paulescu N. Barak L. Krzisnik C. Battelino T. Bratina N. Castell C. de Lara N. Dahlquist G. Mustonen L. Patterson C. Cardwell C. Carson D. Wilson I. Gale E. Bingley P. McKinney P. Bodansky J. Feltbower R). Incidence trends for childhood type 1 diabetes in Europe during 1989–2003 and predicted new cases 2005–20: an age-period-cohort modelling study. The Lancet, Lancet 2009, 373(9680): 2027-2033, 13 June 2009

93. Rzeszowska-Wolny J, Palyvoda O, Polańska J, Wygoda A, Hancock R: Relationships between acute reactions to radiotherapy in head and neck cancer patients and parameters of radiation-induced DNA damage and repair in their lymphocytes. International Journal of Radiation Biology, 2008 Aug; 84(8):635-42

94. Machnica L, Osior A, Jarosz-Chobot P, Deja G, Polanska J, Otto-Buczkowska E: An analysis of the prevalence of thyroid autoantibodies: thyroid peroxidase antibodies (ATA) and thyroglobulin antibodies (ATG) in children with newly diagnosed diabetes mellitus type 1 during 2000-2004 in the Upper Silesia region, Poland. Acta Diabetologica, 2008 Mar; 45(1):37-45

95. Jarosz-Chobot P. Polanska J. Polanski A: Does social – economical transformation influence the incidence of Type 1 Diabetes Mellitus? A Polish example. Pediatric Diabetes, Pediatr Diabetes; June 2008; (9)3:202-207

96. Rzeszowska-Wolny J.Palyvoda O. Polanska J. Wygoda A. Hancock R: Relationships between acute reactions to radiotherapy in head and neck cancer patients and parameters of radiation-induced DNA damage and repair in their lymphocytes. International Journal of Radiation Biology, Int J Radiat Biol. 2008 Aug; 84(8):635-42

97. Deja G, Jarosz-Chobot P, Polanska J: The rate of improvement of metabolic control in children with diabetes mellitus type 1 on insulin glargine depends on age. Experimental and Clinical Endocrinology and Diabetes, 2007 Nov; 115(10):662-8

98. Jarosz-Chobot P, Nowakowska M, Polanska J: Seeking the factors predisposing to local skin inflammatory state development in children with type 1 diabetes (T1DM) treated with continuous subcutaneous insulin infusion (CSII). Experimental and Clinical Endocrinology and Diabetes, 2007; 115(3):179-81

99. Jarosz-Chobot P. Nowakowska M. Polanska J. Machnica L: Bacteria strains colonizing sub-cutaneous catheters of the personal insulin pumps. Polish Journal of Microbiology 2007, 56(4): 239-243

100. Piecuch J. Orkisz W. Gabriel A. Sosada K. Żurawiński W. Rudzki M. Mikusek W. Polanska J. Arendt J: Liver regeneration following portal blood arterialization and splenectomy in acute hepatic failure. Hepato Gastroenterology – Current Medical and Surgical Trends, Hepato-Gastroenterol, 2007, 54(77):1546-1550 ISSN 01726390

101. Polanski A. Polanska J. Jarzab M. Wiench M. Jarzab B: Application of Bayesian networks for inferring cause - effect relations from gene expression profiles of cancer versus normal cells, Mathematical Biosciences, Math Biosci, 2007, (209): 528-546

102. Deja G, Jarosz-Chobot P, Polanska J, Siekiera U, Malecka-Tendera E: Is the association between TNF-α-308 A allele and DMT1 independent of HLA DRB1 and DQB1 alleles? Mediators of Inflammation, 2006 (4), Article ID 19724, Pages 1–7

103. Kula D, Bednarczuk T, Jurecka-Lubieniecka B, Polanska J, Hasse-Lazar K, Jarzab M, Steinhof-Radwanska K, Hejduk B, Zebracka J, Kurylowicz A, Bar-Andziak E, Stechly T, Pawlaczek A, Gubala E, Krawczyk A, Szpak-Ulczok S, Nauman J, Jarzab B, Interaction of HLA-DRB1 alleles with CTLA-4 in the predisposition to Graves' disease: the impact of DRB1*07. Thyroid 2006, 16(5): 447-453

104. Polanska J. Jarosz-Chobot P: Maternal age at delivery and order of birth are risk factors for Type 1 Diabetes Mellitus in Upper Silesia, Poland. Medical Science Monitor. International Medical Journal for Experimental and Clinical Research, Med Sci Monitor, 2006, 12(4):CR173-176

105. Polanska J. Borys D. Polanski: A Node assignment problem in Bayesian networks. Interna-tional Journal of Applied Mathematics and Computer Science 2006, 16(2): 233-240

106. Cyran K. Polanska J. Kimmel M: Testing for signatures of natural selection at molecular level: application to four genes implicated in human cancer. Journal of Medical Informatics and Technology 8: MM31-MM40.

107. Polanska J, Kimmel M: A simple model of linkage disequilibrium and genetic drift in human genomic SNPs: Importance of Demography and SNP age. Human Heredity, 2005; 60(4):181-195

108. Rzeszowska-Wolny J, Polanska J, Pietrowska M, Palyvoda O, Jaworska J, Butkiewicz D, Hancock R: Influence of Polymorphisms in DNA Repair Genes XPD, XRCC1 and MGMT on DNA Damage Induced by gamma-Radiation and its Repair in Lymphocytes in vitro. Radiation Research, 2005, 164(2):132-40

109. Starosolski Z, Polanska J, Groen M, Polanski A: Estimating region of absolute stability with the use of piecewise linear Lyapunov functions. European Journal of Control, 2004; 10(6):547-556

110. Polanska J: Statistical evaluation of familial risk factors in Type 1 Diabetes. Journal of Biological Systems, 2004; 12(4):457-470

111. Horak S, Polanska J, Widlak P: Bulky DNA adducts in human sperm: relationship with fertility, semen quality, smoking, and environmental factors, Mutation Research/Genetic Toxicology and Environmental Mutagenesis, 2003; 537(1):53-65

112. Horak S. Polanska J. Widlak P: High levels of bulky DNA adducts in human sperm correlate with impaired fertility. Acta Biochim Pol 2003; 50(1):197-203

113. Palyvoda O. Polanska J. Wygoda A. Rzeszowska-Wolny J: DNA damage and repair in lymphocytes of normal individuals and cancer patients: studies by the comet assay and micronucleus tests. Acta Biochim Pol 2003; 50(1):181-90

114. Jarosz-Chobot P. Otto-Buczkowska E. Polanska J:Epidemiologia cukrzycy typu I w populacji rozwojowej: aktualne trendy i czynniki ryzyka. Przegląd Pediatryczny 2003, 33(2): 128-132

115. Polanska J: The EM algorithm and its implementation for the estimation of frequencies of SNP-haplotypes International Journal of Applied Mathematics and Computer Science 2003, 13(3): 419-429

116. Palyvoda O, Mukalov I, Polanska J, Wygoda A, Drobot L, Widel M, Rzeszowska-Wolny J: Radiation-induced DNA damage and its repair in lymphocytes of patients with head and neck cancer and healthy donors. Anticancer Research, 2002; 22(3):1721-5

117. Otto-Buczkowska E. Jarosz-Chobot P. Polanska J: Epidemiologia cukrzycy typu 1 populacji rozwojowej w swiecie i Polsce. Diabetologia Doświadczalna i Kliniczna 2002, 2(6): 437-443

118. Jarosz-Chobot P. Buczkowska E. Polanska J: Nadwaga - problem w praktyce pediatrycznej. Otyłość jako czynnik ryzyka dla wystąpienia zaburzeń metabolicznych Przegląd Lekarski 2001, 58(10): 908-14

119. Jarosz-Chobot P. Krajewska-Siuda E. Franiczek W. Otto-Buczkowska E. Koehler B. Polanska J: Sytuacja socjalna dzieci z cukrzycą typu 1 na terenie Górnego Śląska. Diabetologia Polska 2000, 7: 95-98