X Sympozjum Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego



W dniach 27-29 września odbyło się X Sympozjum Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego. Na konferencji przedstawione zostały aktualne badania z dziedziny bioinformatyki oraz biologii obliczeniowej. Zakład Analizy Eksploracyjnej Danych reprezentowały mgr inż. Justyna Mika oraz studentka Pani Aleksandra Suwalska, które przedstawiły następujące prace:
mgr inż. Justyna Mika: Reannotation of VDJ segments in complementarity determining region 3 (CDR3) in data from TCR sequencing.
Aleksandra Suwalska: The Application of Deep Convolutional Neural Networks in the Automated Diagnosis of Early Alzheimer Disease on Magnetic Resonance Images. Praca przedstawiała wyniki projektu bioinformatycznego realizowanego pod nadzorem dr. inż. Franciszka Binczyka.
Poza pogłębieniem swej wiedzy naukowej, uczestnicy mogli liczyć na atrakcje zapewnione przez organizatorów. Konferencja miała miejsce w pięknym zabytkowym zamku w Uniejowie, a pokaz walk rycerskich pomógł poczuć atmosferę tego miejsca.

Dodano: 2017-10-06

XXIII Krajowa Konferencja Zastosowań Matematyki w Biologii i Medycynie



W dniach 11-15 września 2017 doktoranci oraz pracownicy naszego Zakładu mieli okazję uczestniczyć w XXIII Krajowej Konferencji Zastosowań Matematyki w Biologii i Medycynie i zapoznać się z tematyką prac badawczych realizowanych w polskich ośrodkach naukowych. Konferencja obejmowała swoim zakresem wiele zagadnień z modelowania matematycznego w biologii nowotworów oraz chorób o podłożu społecznym. Zakład Analizy Eksploracyjnej Danych reprezentowało czworo członków oraz jeden student i wygłosili następujące referaty:
Szymon Kocot, dr inż. Franciszek Binczyk: Application of the convolutional neural network - deep learning - as an efficient technique for automated segmentation of high grade gliomas.
dr inż. Michał Marczyk: Spatial feature selection for finding biomarkers using image mass spectrometry data.
mgr inż. Anna Papież: Response profiles for high and therapeutic radiation doses in breast cancer patients.
mgr inż. Joanna Żyła: Heritability in radiation response investigation of H2AX and MDM2.
Zapraszamy do galerii na fotorelację z wydarzenia.

Dodano: 2017-09-15

Praktyki w zakładzie ZAED



W miesiącach czerwiec-sierpień (01.06.2017 do 31.08.2017) praktykę zawodową w naszym Zakładzie odbył student elektroniki Politechniki Nantes, Victoire Irenge. Opiekunem pracy był dr inż. Adam Popowicz, a tematem było przygotowanie oprogramowania do obsługi szybkiej kamery BONITO z wykorzystaniem dedykowanych bibliotek Matrox MIL.

Dodano: 2017-08-31

Third BRITE-Constellation Science Conference, Aug 7-10, 2017



W dniach 7-10 sierpnia w Auberge du Lac Taureau (Quebec, Kanda) odbyła się trzecia konferencja naukowa związana z misją satelitarną BRITE. Wziął w niej udział pracownik ZAED dr inż. Adam Popowicz, wygłaszając referat pt.: "PSF photometry of BRITE images". Przedstawił on nowy algorytm przetwarzania obrazów z nanosatelitów oparty na fotometrii profilowej z wykorzystaniem dekompozycji profilów gwiazd za pomocą PCA.

Dodano: 2017-08-11

Konferencja PrecMed 2017



W dniach 27-28 lipca 2017 roku odbyła się na terenie University of Vienna międzynarodowa konferencja Computational Approaches in Precision Medicine PrecMed2017. Tematem wiodącym konferencji było bioinformatyczne wsparcie diagnostyki i indywidualizacji terapii. W trakcie konferencji wysłuchać można było wykładów prof. Seppa Hochreitera – twórcy metody Deep Learning, czy dr. Joaquina Dopazo – autora narzędzi FatiGO, CellMap, czy ActionabblePathways. Wśród zaproszonych wykładowców byli również: dr Weida Tong (FDA, USA), prof. Christos Hatzis (Yale University), prof. Leming Shi (Fudan University), prof. Wenzhong Xiao (Harvard Medical School and Stanford University) oraz dr Christoph Bock (Austrian Academy of Science). Zakres tematyczny prelekcji był bardzo szeroki – od mającej na celu stratyfikację pacjentów analizy genomu, epigenomu, transkryptomu czy proteomu do prezentacji wyników szeroko zakrojonych badań wielodziedzinowych dążących do opracowania modeli mechanistycznych procesów nowotoworzenia na poziomie komórkowym. W grupie wykładowców znalazła się także prof. Joanna Polańska, która na zaproszenie organizatorów konferencji – dr Davida Kreila i dr Pawła Łabaja z BOKU University – przedstawiła wyniki zastosowania algorytmu DivIK do identyfikacji heterogenności obszarów guza w badaniach obrazowania molekularnego MSI (Mrukwa G and Polańska J: Divisive intelligent k-means algorithm in support of identification of homogenous clusters in high dimensional data).
W konferencji uczestniczyli również młodzi pracownicy naukowi z naszego zakładu, przedstawiając wyniki badań w trakcie sesji plakatowej:
1. Bożena Rolnik, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, Joanna Polańska: Characteristics of Copy Number Variation in radiosensitive cell line.
2. Franciszek Bińczyk, Michał Marczyk, Joanna Polańska: Detection of lymphocytes in stained whole tissue images by signal modelling approach.
3. Joanna Żyła, Agnieszka Danek, Paweł Łabaj, and Joanna Polańska: iK-means clustering in RNA-Seq data analysis of complex experiment design structure.
4. Anna Papiez, Agnieszka Danek, Paweł Łabaj, Aleksandra Gruca, Joanna Polanska: Functional annotation differences among Drosophila melanogaster strains.

Dodano: 2017-07-31

   1   2   3   4   5