Doktorant poszukiwany :-)



W roku akademickim 2019/2020 przyjęcia na studia doktoranckie odbywać się będą według nowych zasad. Kształcenie odbywać się będzie w Szkole Doktorów a rekrutacja odbywać się będzie do konkretnego tematu projektu doktorskiego. Na wydziale AEI lista zatwierdzonych tematów obejmuje 22 pozycje.
W ZAED poszukujemy osoby zainteresowanej prowadzeniem prac mających na celu opracowanie systemu automatycznej identyfikacji złośliwych zmian nowotworowych w tkance płuca obrazowanej techniką niskodawkowej tomografii komputerowej (TK), z wykorzystaniem algorytmów uczenia maszynowego, a w szczególności technik klasyfikacji danych. Projekt realizowany będze we współpracy z Gdańskim Uniwersytetem Medycznym. Planowanym promotorem w tym przewodzie doktorskim jest prof. Joanna Polańska, a promotorem pomocniczym dr Franciszek Binczyk.
Chętnym prosimy o kontakt.
Dodatkowe informacje

Dodano: 2019-06-27

Ascona Workshop 2019



W dniach 16-21.07.2019 odbyła się konferencja międzynarodowa: Statistical Challenges in Medical Data Science. Uczestniczyli w niej pracownicy naszego Zakładu Anna Papież i Franciszek Binczyk. Konferencja była okazją do zapoznania się z aktualnymi badaniami prowadzonymi na świecie w szeroko rozumianej bioinformatyce i inżynierii biomedycznej. Prezentacje oraz sesje plakatowe dotyczyły genomiki, proteomiki, analizy Big Data w medycynie, modeli statystycznych oraz wielu innych. Na konferencji nie zabrakło ożywionej dyskusji na sali plenarnej i w kuluarach, było wiele możliwości wymiany myśli oraz doświadczeń.
Pracownicy naszego Zakładu zaprezentowali wyniki swoich prac:
dr inż. Franciszek Binczyk: "Unsupervised method for automated segmentation of lung nodules ona 3D series of Computed Tomography scans"
mgr inż. Anna Papież: "Feature selection based on dose profiles for radiation response biomarker research".
Postery cieszyły sie dużym zainteresowaniem w trakcie dwugodzinnej sesji.

Dodano: 2019-06-16

Warsztaty bioinformatyczne dla studentów



Już po raz trzeci mieliśmy przyjemność współorganizować Warsztaty Bioinformatyczne, które w tym roku odbyły się w Węgierskiej Górce w dniach 24-26 maja. W wydarzeniu wzięli udział członkowie trzech kół studenckich, BioSKN Politechniki Śląskiej, AKN BioNanopor Politechniki Wrocławskiej oraz KNBi Politechniki Poznańskiej. Studenci mieli okazję nabyć wiedzę i praktyczne umiejętności w wykorzystywaniu metod głębokiego uczenia do danych biomedycznych oraz podzielić się podczas sesji posterowej doświadczeniami z realizacji projektów naukowych. Główną część warsztatów, kurs zatytułowany „Zastosowanie głębokiego uczenia do celów analizy obrazów histopatologicznych” poprowadził dr Franciszek Binczyk, a inni pracownicy ZAED zostali poproszeni o wygłoszenie prezentacji:
Prof. Joanna Polańska - „Deep learning jako narzędzie inżynierii cech”, Mgr Anna Papież - „Deep LeaRning: jak ugryźć głębokie uczenie w R?”, Dr Joanna Żyła - „Algorytmy genetyczne w selekcji cech dla modeli regresyjnych”.
Oprócz nabywania nowych umiejętności, uczestnicy mieli okazję aktywnie spędzić czas, zdobywając szczyt Glinne w paśmie Baraniej Góry, nawiązać nowe znajomości i zrelaksować się przy ognisku. Wszystkim uczestnikom życzymy dalszych sukcesów naukowych i mamy nadzieję na kolejne spotkanie w przyszłym roku :).

Dodano: 2019-05-28

Konferencja programistyczna - SatRday 2019



W dniach 17-18.05.2019 na Politechnice Gdańskiej doktoranci oraz pracownicy Zakładu Analizy Eksploracyjnej Danych uczestniczyli w konferencji poświęconej zagadnieniom programowania w języku R. Uczestnicy mieli okazję wziąć udział w warsztatach dotyczących głębokiego uczenia oraz programowania aplikacji webowych z pakietem Shiny R. Drugiego dnia była możliwość wysłuchania ciekawych prezentacji oraz dyskusji dotyczących tematyki programowania w R połączonego z zagadnieniami designu, uczenia maszynowego i wieloma innymi.

Dodano: 2019-05-18

CELOD: Cellular effects of ionising radiation – introduction to radiation biology



W dniach 29 kwietnia – 10 maja na Uniwerystecie Sztokholmskim odbył się kurs będący wprowadzeniem do metod radiobiologii. Wśród uczestników z całego świata znalazła się również nasza studentka – Małgorzata Kamuda.
W trakcie kursu uczestnicy zdobyli wiedzę m. in. na temat aberracji chromosomowych, promiennego efektu sąsiedztwa (bystander effect) czy naprawy DNA indukowanej promieniowaniem. Podczas części praktycznej zapoznać się można było z metodami napromieniowywania komórek, tworzenia slajdów mikroskopowych oraz oceny wyników na podstawie zdjęć i utworzonych slajdów. Kursanci zostali zapoznani z technikami pomiarów dozymetrycznych oraz eksponowania komórek na promieniowanie rentgenowskie, promienie gamma oraz cząstki alfa, a także pracowali ze źródłami promieniowania gamma o niskiej aktywności. Zajęcia te były okazją m. in. do dyskusji na temat promieniowania powstającego z rozpadu pierwiastków. Uczestnicy poznali metodę Giemsa do przygotowywania barwnych preparatów do analizy mikroskopowej aberracji chromosomowych i mikrojąder. Na ich podstawie otrzymano wyniki, na których wykorzystano poznane techniki analizy statystycznej. W trakcie kursu, studenci zdobyli również wiedzę na temat przeprowadzania hybrydyzacji in situ z całymi sondami chromosomowymi oraz wykrywania ognisk gamma H2AX i uch analizy na podstawie obrazów cyfrowych. Wszelkie poznane techniki posłużyły również, nauczeniu uczestników metod zbierania danych oraz ich analizy, a wszystkie wyniki eksperymentów zostały opracowane i omówione podczas prezentacji, które wykonała każda z czterech grup kursantów.
Wśród zaproszonych wykładowców była prof. Joanna Polańska, której wykład dotyczył metod oceny wielkości efektu w analizach danych pochodzących z eksperymentów radiobiologii o wysokiej przepustowości.
Kurs ten był idealną okazją zarówno do nabycia nowych umiejętności i dyskusji na temat obecnych problemów radiobiologii, ale również do poznania osób z całego świata, wymiany z nimi doświadczeń i wiedzy.

Dodano: 2019-05-15

   1   2   3   4   5